(Received: June 3, 2003; Accepted for publication: July 18, 2003; Published on Web: November 20, 2003)
AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) は生体関連分子のシミュレーションに適しているが、AMBER内の残基データベースに登録されていない新規残基部位を有するDNA分子などのシミュレーションを行うためには、モジュールのひとつであるPREPを用いて新規に登録しておかなければならない。しかし、その入力ファイルの形式は繁雑であるため、手作業にて作成するのは容易ではない。そこで本研究では、これまで開発してきた"Modrast-P"を機能拡張し、視覚的に確認しながら対話的にPREP入力ファイルを作成する機能を追加した。これにより、簡便かつ効率的にPREP入力ファイルが作成可能となった。
キーワード: DNA, AMBER, PREP, Modrast-P, 分子動力学