AMBERの残基データベースへの新規残基追加支援システム開発

佐々 和洋a*, 宇野 健b, 林 治尚a, 山名 一成a, 中野 英彦a

a姫路工業大学大学院工学研究科物質系工学専攻, 兵庫県姫路市書写2167
b広島県立大学経営学部経営情報学科, 広島県庄原市七塚町562

(Received: June 3, 2003; Accepted for publication: July 18, 2003; Published on Web: November 20, 2003)

  AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) は生体関連分子のシミュレーションに適しているが、AMBER内の残基データベースに登録されていない新規残基部位を有するDNA分子などのシミュレーションを行うためには、モジュールのひとつであるPREPを用いて新規に登録しておかなければならない。しかし、その入力ファイルの形式は繁雑であるため、手作業にて作成するのは容易ではない。そこで本研究では、これまで開発してきた"Modrast-P"を機能拡張し、視覚的に確認しながら対話的にPREP入力ファイルを作成する機能を追加した。これにより、簡便かつ効率的にPREP入力ファイルが作成可能となった。

キーワード: DNA, AMBER, PREP, Modrast-P, 分子動力学


Abstract in English

Text in Japanese

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