創薬のための仮想スクリーニング統合環境Xsiの開発

稲垣 祐一郎

みずほ情報総研(株), 〒101-8443 東京都千代田区神田錦町2−3

(Received: July 12, 2005; Accepted for publication: November 9, 2005; Published on Web: December 15, 2005)

  分子力場法をベースとした薬物候補化合物の仮想スクリーニングのための統合環境Xsiを開発した。創薬の手法として、ターゲット蛋白質の構造情報を用いないLigand Based Drug Design(LBDD)と、ターゲット蛋白質の構造情報を用いるStructure Based Drug Design(SBDD)の二通りがある。Xsiはこの両手法をひとつのプラットフォーム上に一体化させ、専用のスクリプト言語Xsi-Scriptによりユーザーが機能を自由に組み合わせることにより様々な解析フローを実現できる統合環境となっている。
  LBDDの中心的機能の低分子の配座生成部分について、SH4版EHPCシステムを用いて、階層型並列化を行い、CPU21個で並列化効率96.6%が得られた。
  更に、SBDD機能を用いて、c-ABLとリガンドの再ドッキング試験を行い、Root Mean Square Deviation 0.13Åが得られている。

キーワード: 分子力場法, 専用計算機, Ligand based drug design, Structure based drug design


Abstract in English

Text in Japanese

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