(Received: July 12, 2005; Accepted for publication: November 9, 2005; Published on Web: December 15, 2005)
分子力場法をベースとした薬物候補化合物の仮想スクリーニングのための統合環境Xsiを開発した。創薬の手法として、ターゲット蛋白質の構造情報を用いないLigand Based Drug Design(LBDD)と、ターゲット蛋白質の構造情報を用いるStructure Based Drug Design(SBDD)の二通りがある。Xsiはこの両手法をひとつのプラットフォーム上に一体化させ、専用のスクリプト言語Xsi-Scriptによりユーザーが機能を自由に組み合わせることにより様々な解析フローを実現できる統合環境となっている。
LBDDの中心的機能の低分子の配座生成部分について、SH4版EHPCシステムを用いて、階層型並列化を行い、CPU21個で並列化効率96.6%が得られた。
更に、SBDD機能を用いて、c-ABLとリガンドの再ドッキング試験を行い、Root Mean Square Deviation 0.13Åが得られている。
キーワード: 分子力場法, 専用計算機, Ligand based drug design, Structure based drug design