ナノ秒のMDシミュレーションから求めたペプチド二次構造の確率予測―三角マップ表示した%スティッキネス法の有用性

村山 真一, 吉田 昼也, 青山 崇, 浦田 賢, 西垣 功一*

埼玉大学 工学部 機能材料工学科, 〒338-8570 さいたま市桜区下大久保255

(Received: May 10, 2006; Accepted for publication: July 7, 2006; Published on Web: September 4, 2006)

  ペプチドのナノ秒(ns)分子動力学計算(MD)では、安定構造を得るのには遙かに不十分な計算時間であることが分かっている。にもかかわらず、新たに導入した%スティッキネスの三角マップ表示(TMR-%s)によって、安定構造に含まれる二次構造(特にaヘリックス)のおぼろげな像が得られることが示された。%スティッキネスとは、生体高分子の動的なコンフォメーション変化を記述する目的で以前に導入された指標である。TMR-%s表示において、ペプチド形成傾向は、マップ上にaヘリックス固有の相互作用を示すシフトした対角線ラインとして現れた。ns-MDの結果から計算されたペプチドの%sと旋回半径(Rg)の座標プロットから、ペプチドの二次構造予測に関する確率マトリクスを導出できることが示された。

キーワード: ns-MD, Chou-Fasman パラメータ, aヘリックス, スティッキネス, 三角マップ表示, 二次構造予測


Abstract in English

Text in Japanese

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