総   説

密度汎関数法に基づくタンパク質全電子計算プログラムProteinDFの現状と今後の展望

佐藤 文俊

東京大学生産技術研究所・情報基盤センター, 〒153-8505 目黒区駒場4-6-1

(Received: March 8, 2007; Accepted for publication: May 7, 2007; Published on Web: June 26, 2007)

  ProteinDFはタンパク質の全電子計算を実現するために設計、製作されたプログラムである。計算法にはガウス型関数を用いる密度汎関数法を、プログラミングにはオブジェクト指向技術をそれぞれ採用している。2000年にシトクロムcの全電子波動関数の計算が達成されたのを皮切りに、文部科学省「戦略的基盤ソフトウェアの開発」、「革新シミュレーションソフトウェアの研究開発」の各プロジェクトを通して、研究開発が続けられ、計算規模、速度、堅固性ともに大幅に向上している。本稿では、ProteinDFの解説、計算例、および実用化の鍵を握ると考え、当初から開発を続けているインターフェースについて報告し、将来を展望する。

キーワード: タンパク質, 分子軌道法, 密度汎関数法, 全電子計算, モデリング


Abstract in English

Text in Japanese

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