総合論文

フラグメント分子軌道法に基づいた生体巨大分子の電子状態計算の現状と今後の展望

中野 達也a,b*, 望月 祐志b,c, 甘利 真司d, 小林 将人e, 福澤 薫b,f, 田中 成典b,g

a国立医薬品食品衛生研究所医薬安全科学部, 〒158-8501 東京都世田谷区上用賀1-18-1
b科学技術振興機構(JST)CREST, 〒332-0012 埼玉県川口市本町4-1-8
c立教大学理学部化学科, 〒171-8501 東京都豊島区西池袋3-34-1
d東京大学生産技術研究所, 〒153-8505 東京都目黒区駒場4-6-1
eアドバンスソフト株式会社、東京大学国際・産学共同研究センター, 〒153-8904 東京都目黒区駒場4-6-1
fみずほ情報総研株式会社科学技術部, 〒101-8443 東京都千代田区神田錦町2-3
g神戸大学大学院自然科学研究科, 〒657-8501 神戸市灘区六甲台町1-1

(Received: March 29, 2007; Accepted for publication: June 28, 2007; Published on Web: August 20, 2007)

  1999年に北浦らにより提唱されたフラグメント分子軌道(FMO)法は、分子系をフラグメントに分割し、フラグメントのモノマー、ダイマー・・・の計算から系全体を計算する方法であり、タンパク質やDNAのような巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として、近年注目を集めている。本稿では、FMO法の概要と、多層FMO(MLFMO)法に基づいたタンパク質の励起状態計算、及びFMO法に基づいたconfiguration analysis for fragment interaction (CAFI)やvisualized cluster analysis of protein-ligand interaction (VISCANA)といった解析方法について報告し、FMO法の今後について展望する。

キーワード: フラグメント分子軌道法, MP2, CIS(D), CAFI, VISCANA, ABINIT-MP


Abstract in English

Text in Japanese

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