高次元アルゴリズム(HA: Hamiltonian Algorithm)を用いたEnkephalinの立体構造の分子動力学的研究
−　HAに現れるmixing 係数の効果　−

土屋 恭平^a, 寺前 裕之^a*, 渡邊 寿雄^{b, c}, 石元 孝佳^{b, c}, 長嶋 雲兵^{b, c}

(Received: April 26, 2007; Accepted for publication: October 25, 2007; Published on Web: December 3, 2007)

  タンパク質の折れ畳み過程や構造をシミュレーションする手法である分子動力学法をより効率よく行うために生体分子の分子動力学シミュレーションプログラム：PEACHに高次元アルゴリズム（HA: Hamiltonian Algorithm）を組み込み、従来の分子動力学法との差異を比較検討した。Leu-EnkephalinとMet-Enkephalinの二種類のタンパク質を計算対象とした。HAを用いると従来法のエネルギー分布よりも低いエネルギー値を多く取ることが観測され、探索空間が広がっている事が判った。

キーワード: Molecular dynamics, Hamiltonian algorithm, Native structure of protein, Holding process of protein, Enkephalin

Text in Japanese

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