高次元アルゴリズム(HA: Hamiltonian Algorithm)を用いたEnkephalinの立体構造の分子動力学的研究
− HAに現れるmixing 係数の効果 −

土屋 恭平a, 寺前 裕之a*, 渡邊 寿雄b, c, 石元 孝佳b, c, 長嶋 雲兵b, c

a城西大学 理学部化学科, 〒350-0295 坂戸市けやき台1-1
b産業技術総合研究所計算科学研究部門, 〒305-8568 つくば市梅園1-1-1中央第二
c科学技術振興機構CREST, 〒332-0012 埼玉県川口市本町4-1-8川口センタービル

(Received: April 26, 2007; Accepted for publication: October 25, 2007; Published on Web: December 3, 2007)

  タンパク質の折れ畳み過程や構造をシミュレーションする手法である分子動力学法をより効率よく行うために生体分子の分子動力学シミュレーションプログラム:PEACHに高次元アルゴリズム(HA: Hamiltonian Algorithm)を組み込み、従来の分子動力学法との差異を比較検討した。Leu-EnkephalinとMet-Enkephalinの二種類のタンパク質を計算対象とした。HAを用いると従来法のエネルギー分布よりも低いエネルギー値を多く取ることが観測され、探索空間が広がっている事が判った。

キーワード: Molecular dynamics, Hamiltonian algorithm, Native structure of protein, Holding process of protein, Enkephalin


Abstract in English

Text in Japanese

PDF file(148kB)


Return