(Received: February 13, 2001; Accepted for publication: April 4, 2001; Published on Web: May 18, 2001)
タンパク質三次元共通構造特徴の自動認識のためのアプローチについて報告する。タンパク質の構造は、その構成二次構造セグメントを要素として縮約表現した。本研究では、グラフ論的なクリーク探索アプローチを基礎とした最大共通部分グラフ探索アルゴリズムを利用して、これら二つのタンパク質間の三次元共通構造特徴を同定する。これらの考えをもとに、プログラムAIM (Automated Identification of 3D Motif of proteins)を開発し、典型的なRossmann-foldモチーフを持つことが知られている二つのタンパク質alcohol dehydrogenaseとlactate dehydrogenaseを例とした探索実験を試みたところ、AIMはこのモチーフに対応するペプチドセグメントを正しく認識することが確認できた。また、同定された共通構造特徴を質問構造パターンとして用いた三次元部分構造検索の結果についても併せて報告する。
キーワード: 3D motif finding, 3D substructure searching, maximal common subgraph, structural similarity, Rossmann-fold
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